Ο Μουσειακός Σιδηρόδρομος Θεσσαλίας, ως μη κερδοσκοπική εταιρεία, απαρτίζεται από εννέα εταίρους εκ’ των οποίων οι πέντε, συγκροτούν το Διοικητικό Συμβούλιο. Οι εκλογές για την ανάδειξη του Διοικητικού Συμβουλίου διεξάγονται ανά τρία χρόνια, έπειτα από Γενική Συνέλευση των εταίρων, όπως προβλέπεται από το άρθρο 13 – παράγραφος 1, του καταστατικού λειτουργίας.